У каждого знака свой уровень
В предложении с разными видами связи нужно отдельно оформлять границы блоков и части внутри них.
Запятая перед и может разделять блоки, а после и — открывать вложенную придаточную. Эти два знака не дублируют друг друга, потому что выполняют разные функции.
Солнце село, и, когда стемнело, мы зажгли фонарь. Первая запятая относится к сочинению, следующие выделяют время.